Институтот „Евро-Балкан“ е научно-истражувачка институција, сертифицирана од Министерството за образование и наука на Република Македонија. Со Институтот раководи Управен одбор и Извршниот директор, д-р. Јован Донев. Инситутот генерално е поделен на две главни програми: Школа за регионални студии, координирана од д-р. Катерина Колозова и Оддел за развој на политики, координиран од м-р Јана Лозановска. Школата за регионални студии се состои од следните оддели: Истражувачки центар за родови студии, Оддел за развој базиран на знаење, Оддел за современа политичка мисла и Центар за визуелни и културни истражувања. Одделот за развој на политики се состои од Центарот за јавна администрација и јавни политики и од Центарот за демократија и безбедност. Охидскиот летен универзитет и Библиотечниот оддел функционираат како одделни програми. 
Најголемиот дел од вработените во Институтот се млади истражувачи, кои се дипломирани студенти, магистри или доктори на науки. 

За да ја оствари својата мисија и своите цели, Институтот Евро-Балкан ќе биде фокусиран на следните главни активности:

- Поддржување на евроинтеграциските процеси и тековните реформи во Република Македонија, преку аргументи, формулирани низ професионално, одговорно и транспарентно спроевдена истражувачка дејност, кои ќе бидат презентирани како пред донесувачите на одлуки така и низ јавни дебати;
- Поддржување на продуктивни јавни дебати со критички осврт и на дијалогот меѓу институциите и граѓанинот во земјата преку преку реализирање на различни истражувачки проекти, публикација на литература, како и организирање и одржување на различни видови форуми (конференции, семинари итн)
- Спроведување и дистрибуирање на независни анализи на влијанието на политиките, со цел да се постигне поголема транспарентност на процесот на донесување на одлуките во државава;
- Организирање семинари, конференции и работилници посветени на општи и потесни теми поврзани со тековните состојби во Македонија или со процесот на креирање и имплементирање на политиките;
- Доследно спроведување на идејата за академски квалитет што ја вклучува критичката мисла, придонесувајќи кон создавањето на нова генерација млад академски кадар, способен да ја трансформира националната и регионалната научна и образовна реалност преку нејзино доближување до тековните европски стандарди;
- Создавање и одржување на широка мрежа од македонски и странски експерти и организации со цел целосно да се искористи нивното знаење и капацитет;
- Натамошна работа врз изградбата на одржлив професионален тим кој го има знаењето и капацитетот потребни за поддршка на реформите во транзициона Македонија.